Theo sách Đại Việt sử ký toàn thư:Trần Thủ Độ tuy làm Tể tướng, nhưng mọi việc không việc gì không để ý. Vì thế đã giúp nên vương nghiệp và giữ được tiếng tốt cho đến lúc mất. Thái Tông hoàng đế có làm bài văn bia ở sinh từ để tỏ lòng đặc biệt quý mến ông. Thế nhưng cái tội giết Lý Huệ Tông thì khó lẩn tránh với đời sau vậy.

Thủ Độ tuy không có học vấn, nhưng tài lược hơn người, làm quan triều Lý được mọi người suy tôn. Thái Tông lấy được lấy được thiên hạ đều nhờ mưu sức của ông cả. Vì thế ông được nhà nước dựa cậy, quyền át cả vua.[20]

Theo Trần Trọng Kim viết trong Việt Nam sử lược: Thủ Độ là người gian ác đối với nhà Lý, nhưng lại là một đại công thần của nhà Trần. Một tay cáng đáng bao trọng sự, giúp Thái công bình phục được giặc giã trong nước và chỉnh đốn lại mọi việc, làm cho nước Nam bấy giờ được cường thịnh, ngày sau có thể chống cự với Mông cổ, khỏi phải làm nô-lệ những kẻ hùng-cường.[21]

Theo Trần Xuân Sính chép trong sách Thuyết Trần: Trần Thủ Độ tuy không đỗ đạt khoa cử nhưng mưu lược hơn người, không chỉ là quyền thần nhà Lý mà là quyền thần của ngay nhà Trần. Đối với tình thế Đại Việt, việc làm của ông được cho là có vai trò tích cực. Ông phò nhà Trần bình được nội loạn, làm cho Đại Việt kịp chấn hưng, và đó chính là cơ sở để đủ sức lực và tinh thần chống cự được Mông Cổ. Nhiều học giả nhất quán rằng sự thay thế của nhà Trần đối với nhà Lý trong thời điểm đó - mà sự thay thế và kiến thiết ban đầu không thể không nói tới Trần Thủ Độ - có vai trò quyết định sự tồn vong của Đại Việt trước nguy cơ ào tới của vó ngựa Mông mà Trung Hoa lớn mạnh ở phương Bắc cũng không trụ nổi[22]. Sử chép: "Thái Tông lấy được thiên hạ đều là mưu sức của Thủ Độ cả, cho nên quốc gia phải nhờ cậy, quyền hơn cả vua."[19].